Chi bộ Trường Trung học cơ sở được thành lập từ năm 2008, trải qua 4 nhiệm kỳ. Những đồng chí từng giữ chức vụ bí thư chi bộ:
- Đ.c Nguyễn Thị Thanh Trang: từ năm 2008 đến năm 2015
- Đ.c Dương Thị Huyền Trân: từ năm 2015 đến năm 2017
- Đ.c Võ Thanh Nhàn: từ năm 2017 đến nay
Chi bộ Trường Trung học cơ sở Phong Phú nhiệm kỳ 2017 - 2020 hiện có 21 đảng viên, trong đó có 20 đảng viên chính thức và 01 đảng viên dự bị. Gồm các đồng chí trong chi ủy:
- Đồng chí Võ Thanh Nhàn Bí thư
- Đồng chí Dương Thị Huyền Trân Phó Bí thư
- Đồng chí Lê Thị Hồng Hà Ủy viên
Từ lúc thành lập đến nay chi bộ luôn được Đảng bộ xã Phong Phú đánh giá “Trong sạch vững mạnh”. Các đảng viên luôn gương mẫu đi đầu trong thực hiện nhiệm vụ và hoàn thành tốt các nhiệm vụ được giao.